Le secrétaire général est assisté d'un secrétaire général adjoint qui assure la coordination des services du secrétariat général. Il supplée le secrétaire général en cas d'absence ou d'empêchement.
Il suit plus particulièrement les dossiers relatifs à la définition de la stratégie et de la modernisation du ministère, aux aspects économiques et financiers des réformes ainsi que ceux ayant trait à la conduite des politiques de ressources humaines développées dans les directions du ministère.
Il assure la coordination des sous-directions du service de la synthèse, de la stratégie et de la performance ainsi que des sous-directions et département du service du support et des moyens du ministère.