La commission centrale des chemins de fer, dont le fonctionnement est précisé par instruction, est l'organisme permanent de liaison, d'étude et de contrôle pour l'état-major des armées et les organismes du ministère de la défense concernés par le transport ferroviaire.
Elle s'assure de la bonne exécution des transports ferroviaires du ministère de la défense.
En liaison avec le commissariat général aux transports et la direction des transports ferroviaires et fluviaux et des ports du ministère de la transition écologique, elle a pour mission de :

- réaliser l'étude des transports militaires ferroviaires ;
- veiller à la préparation et à la coordination des transports militaires opérationnels ferroviaires ;
- s'assurer du maintien en condition opérationnelle du réseau ferré stratégique de défense et des installations ferroviaires conservés pour les besoins militaires ;
- gérer l'entretien et les investissements sur les installations et les matériels du service militaire des chemins de fer ;
- contrôler ou faire contrôler la sécurité et la sûreté des transports militaires sur le réseau ferré national.