Le diplôme d'Etat de docteur en pharmacie est délivré aux étudiants ayant validé les trois cycles d'études et soutenu leur thèse avec succès.

Pour les étudiants de troisième cycle et les assistants des hôpitaux des armées inscrits dans la spécialité de pharmacie hospitalière, le diplôme d'Etat de docteur en pharmacie est délivré dans les conditions définies à l'article 46 de l'arrêté du 4 octobre 2019 portant organisation du troisième cycle long des études pharmaceutiques, soit à l'issue de la validation de la phase 2 dite phase d'approfondissement mentionnée à l'article D. 633-11 du code de l'éducation.

Les internes qui abandonnent leurs fonctions en cours d'internat doivent valider les semestres de formation correspondant au troisième cycle court et soutenir une thèse si la soutenance n'est pas intervenue en cours d'internat. Des aménagements d'études et des dispenses d'enseignement peuvent leur être accordés par le directeur de l'unité de formation et de recherche dispensant des formations pharmaceutiques.