Les étudiants soutiennent au cours du troisième cycle court ou, au plus tard, dans un délai de deux ans après la validation du troisième cycle court une thèse devant un jury désigné par le président de l'université sur proposition du directeur de l'unité de formation et de recherche dispensant des formations pharmaceutiques dans laquelle ils sont inscrits.
Une dérogation exceptionnelle à ce délai peut être accordée par le président de l'université sur proposition du directeur de l'unité de formation et de recherche dispensant des formations pharmaceutiques.
La thèse consiste en un mémoire dactylographié préparé sous la responsabilité d'un directeur de thèse. Le sujet de thèse peut porter sur des thèmes en rapport avec :
― la pratique d'une activité spécifique de l'orientation professionnelle ;
― le développement d'un acte pharmaceutique (santé publique, campagnes de dépistage, conseil, suivi pharmaceutique, accompagnement du patient, éducation thérapeutique du patient, etc.) ;
― l'évolution des pratiques professionnelles ;
― l'activité de l'étudiant au cours du stage hospitalier ;
― l'activité de l'étudiant pendant son stage professionnel ;
― une recherche expérimentale et/ou clinique.
Le sujet est approuvé par un enseignant-chercheur exerçant dans l'unité de formation et de recherche dispensant des formations pharmaceutiques dans laquelle est inscrit l'étudiant.
Le directeur de l'unité de formation et de recherche dispensant des formations pharmaceutiques autorise la soutenance de la thèse.

Le jury, désigné par le président de l'université sur proposition du directeur de l'unité de formation et de recherche dispensant des formations pharmaceutiques, comprend au moins trois membres, dont le directeur de thèse :
― un enseignant-chercheur habilité à diriger des recherches exerçant dans l'unité de formation et de recherche dispensant des formations pharmaceutiques, président ;
― deux autres membres, dont une personnalité qualifiée extérieure à l'unité de formation et de recherche dispensant des formations pharmaceutiques. La participation d'un responsable d'une structure accueillant des étudiants en stage est souhaitée.
Deux membres du jury sont titulaires du diplôme d'Etat de pharmacien ou de docteur en pharmacie.

Un praticien des armées peut faire partie d'un jury de thèse.
Le jury peut soit refuser la thèse, soit l'admettre avec l'une des mentions suivantes : passable, assez bien, bien ou très bien. Il peut le cas échéant demander des modifications.

Pour les étudiants de troisième cycle inscrits dans les spécialités de pharmacie et d'innovation pharmaceutique et recherche, le mémoire du diplôme d'études spécialisées tient lieu, le cas échéant, de thèse en vue de l'obtention du diplôme d'Etat de docteur en pharmacie.

Pour les étudiants de troisième cycle et les assistants des hôpitaux des armées inscrits dans la spécialité de pharmacie hospitalière, la thèse est soutenue dans les conditions définies à l'article 44 de l'arrêté du 4 octobre 2019 portant organisation du troisième cycle long des études pharmaceutiques.

La validation du troisième cycle court implique la validation des enseignements théoriques, dirigés et pratiques et la validation des stages.