L'autorité chargée du contrôle financier sur l'Agence nationale de la recherche, ci-après dénommée " le contrôleur ", exerce une mission générale de contrôle de la gestion budgétaire et financière de l'agence. Elle contribue notamment, en vue de leur prévention, à l'identification des risques budgétaires et financiers, directs ou indirects, auxquels l'agence est susceptible d'être confrontée. Elle en rend compte au ministre chargé du budget et en informe les ministres intéressés.

Dans ce cadre, le contrôleur peut évaluer, en liaison avec l'ordonnateur, les circuits et procédures mis en place pour l'exécution du budget de l'établissement. Il coordonne son intervention avec celle de l'agent comptable au titre du contrôle allégé partenarial.

Il établit un rapport annuel sur la gestion budgétaire et financière de l'établissement, qu'il transmet au ministre chargé du budget et aux ministres intéressés ainsi qu'à l'ordonnateur.