Les orientations du comité stratégique interministériel NRBC présidé par le secrétariat général de la défense et de la sécurité nationale, fixent le cadre de la programmation pour le centre. Les objectifs du centre s'inscrivant dans ce cadre sont :

- l'amélioration au plan national des capacités d'intervention face aux risques et aux menaces de nature nucléaire, radiologique, biologique, chimique et explosive, par l'élaboration d'une offre pédagogique interministérielle définissant les programmes, les contenus, et permettant l'application de procédures conjointes d'intervention dans le cadre des compétences propres à chacun des acteurs ;
- la réalisation de formations interministérielles, en application de la doctrine de l'Etat pour la prévention et la réponse aux crises nucléaire, radiologique, biologique, chimique, des textes réglementaires et des référentiels de compétences ;
- le développement d'entraînements interministériels, afin de mettre en situation les acteurs de secours, de sécurité, de défense et de santé ;
- la participation, au plan international, au développement d'actions de coopération en matière de formation des intervenants sur un événement nucléaire, radiologique, biologique, chimique et explosif.

Le CNCMFE NRBC-E :
1° Met en œuvre des sessions de formation interministérielle, au profit d'acteurs de filières métier, comprenant les généralistes et les spécialistes, ainsi que les référents ministériels zonaux, sur le site de son siège, de manière délocalisée ou bien en formation à distance, dont les objectifs sont les suivants :

-ingénierie des entraînements et exercices NRBC-E pour concevoir et animer les entraînements et exercices NRBC-E ;
-sensibilisation des décideurs aux crises NRBC-E pour disposer d'une vision globale de haut niveau ;
-gestion interministérielle de crise NRBC-E en centre opérationnel pour être en capacité d'intégrer un dispositif opérationnel interministériel de gestion de crise lors d'un évènement à caractère NRBC-E ;
-développement des compétences des " experts métiers " aux situations NRBC-E pour compléter les savoirs des spécialistes et des conseillers techniques notamment dans leur action au profit d'un centre opérationnel interministériel ;
-sensibilisation aux risques et menaces NRBC-E en situation de grands événements pour répondre à la demande d'un préfet de département, d'une direction générale, d'un haut fonctionnaire de défense et de sécurité, d'un grand opérateur, afin de réaliser une action de sensibilisation en anticipation ou prévision d'un évènement d'ampleur.

2° Définit les thématiques d'entraînement dans les zones de défense et de sécurité, contrôle la conformité des entraînements réalisés avec la doctrine nationale et anime la mise en œuvre de ces entraînements interministériels zonaux. Il appuie les zones de défense et de sécurité au travers des états-majors interministériels de zone et des centre d'entraînements zonaux, avec lesquels il conventionne, dans la préparation de leurs entraînements ;
3° Organise l'entraînement interministériel des acteurs spécialisés, dans le cadre de thématiques spécifiques et en contrôle la conformité avec la doctrine nationale ; organise des séminaires sur des thématiques spécifiques également destinés aux acteurs spécialisés ;
4° Contribue à l'expertise internationale en matière de formation des acteurs dans le domaine nucléaire, radiologique, biologique, chimique et explosif.

L'offre pédagogique s'articule en formations et en entraînements interministériels NRBC-E. Elle est décrite dans le catalogue des formations et des entraînements. Ce document précise pour chaque action pédagogique les objectifs, les compétences travaillées et décrit les modalités de réalisation de chacune des séquences ou ateliers de travail.
L'offre pédagogique peut être adaptée en cours d'année, en fonction des circonstances et de l'expression des besoins.