Par arrêté du ministre de l'économie, des finances et de l'industrie et du ministre délégué au budget et à la réforme de l'Etat, porte-parole du Gouvernement, en date du 6 septembre 2006, l'exercice du contrôle économique et financier de l'Etat sur les groupements régionaux ou territoriaux de santé publique est confié :

• en Ile-de-France, à la mission du service du contrôle générale économique et financier « agences régionales de l'hospitalisation » (ARH) ;
• dans les autres régions et en Corse, au trésorier-payeur général de région, qui exerce ce contrôle en liaison avec la mission ARH ;
• à Saint-Pierre-et-Miquelon, au comptable supérieur du Trésor chargé de la gestion de la trésorerie générale, qui exerce ce contrôle en liaison avec la mission ARH.