Par dérogation à l'article 7 du décret du 3 juillet 2006 susvisé, l'indemnité de nuitée est fixée au taux plafond de 48 euros. A Paris, dans les départements des Hauts-de-Seine, du Val-de-Marne, de la Seine-Saint-Denis, de la région Corse et d'une manière générale lorsque l'offre hôtelière du lieu de destination est saturée pour des raisons conjoncturelles ou permanentes, le taux plafond est porté à 60 euros.
Lorsque l'agent fait l'avance des frais, le remboursement est effectué aux frais réels sur présentation du justificatif d'hébergement et dans la limite des taux plafonds. Pour prétendre à ce remboursement, l'agent doit se trouver en mission pendant la totalité de la période comprise entre 0 heure et 5 heures.
Aucune indemnité n'est due si l'agent est hébergé gratuitement. Lorsqu'il est hébergé dans une structure administrative moyennant participation, les taux plafonds sont réduits de 50 %.

L'agent perçoit l'indemnité forfaitaire pour frais supplémentaire de repas, fixée à 15,25 euros, s'il se trouve en mission pendant la totalité de la période comprise entre 12 heures et 14 heures pour le repas de midi et entre 19 heures et 21 heures pour le repas du soir et si les repas ne lui sont pas fournis gratuitement.
L'indemnité est réduite de 50 % lorsque l'agent a eu la possibilité de prendre un repas dans une structure administrative. Elle n'est pas due à l'agent en fonction à l'administration centrale qui se déplace dans un autre site d'administration centrale du ministère de l'immigration, de l'intégration, de l'identité nationale et du développement solidaire où il a accès à un restaurant administratif.

Pour les déplacements de nuit par train et lorsque la prestation n'est pas incluse dans le prix du billet, les frais de petit déjeuner peuvent être remboursés forfaitairement à hauteur de 5 euros, sur présentation des justificatifs (titre de transport et facture).

Pour le décompte des indemnités, les horaires de début et de fin de mission correspondent aux horaires inscrits sur les titres de transport. Pour tenir compte du délai nécessaire pour rejoindre le lieu de transport (gare) et pour en revenir, un délai forfaitaire d'une demi-heure est pris en compte dans la durée de la mission avant l'heure de départ et après l'heure de retour. Ce délai est porté à 1 h 30 en cas d'utilisation de l'avion.

Hors les cas d'imprévisibilité de la mission, il est possible de ne pas recourir au voyagiste dans les cas suivants :
― lorsque le prestataire ne propose pas d'hébergement ou lorsque les propositions sont inadaptées aux conditions de la mission ou trop éloignées du lieu de la mission ;
― lorsque l'hébergement est assuré par un organisme autre que le ministère de l'immigration, de l'intégration, de l'identité nationale et du développement solidaire (administration publique ou organisme privé).
En pareils cas, l'agent fait l'avance des frais et est remboursé aux frais réels dans la limite des plafonds de l'article 5 et sur présentation du justificatif d'hébergement.

Tout déplacement à l'étranger et outre-mer ouvre droit à une indemnité journalière destinée à couvrir les frais d'hébergement, de deux repas et les frais divers exposés par l'agent à l'intérieur de la localité où se déroule la mission (transports en commun, taxi, parking, téléphone...).
L'indemnité journalière est allouée dans les conditions suivantes :
65 % au titre de la nuitée si l'agent est en mission entre 0 heure et 5 heures et sur présentation du justificatif d'hébergement ;
12,5 % pour le repas de midi si l'agent est en mission entre 12 heures et 15 heures ;
12,5 % pour le repas du soir si l'agent est en mission entre 19 heures et 21 heures ;
10 % pour les frais divers.
Lorsqu'un agent est logé et nourri gratuitement, les frais divers peuvent lui être remboursés, dans la limite de 10 % de l'indemnité journalière, sur autorisation préalable de l'autorité qui autorise le déplacement et présentation des justificatifs.
Pour le calcul des indemnités, la mission commence à l'heure d'arrivée dans la localité, le port ou l'aéroport de destination et se termine à l'heure de départ de ce même lieu pour le retour.

Pour les missions inférieures à une journée dans les villes de Bruxelles et Luxembourg (missions UE), l'indemnité journalière, prévue par la réglementation, est réduite de 50 % lorsque l'agent est défrayé d'un de ses repas.

Toute escale de plus de sept heures dans un pays ouvre droit à une indemnité de repas ou de nuitée en fonction des plages horaires définies à l'article 10.

Lorsque l'agent bénéficie d'une prestation gratuite, qu'il s'agisse d'hébergement ou de repas, il ne peut prétendre à l'indemnité correspondante.

Le temps passé à bord des avions n'ouvre droit à aucune indemnité de repas sauf si le prix du billet ne comprend pas la prestation. Le remboursement est effectué sur présentation du justificatif de dépense et plafonné à 15,25 euros.