Les transports s'effectuent par la voie ferroviaire en 2e classe. Le recours à la 1re classe peut toutefois être autorisé à titre exceptionnel par l'autorité qui ordonne le déplacement lorsque l'intérêt du service le justifie et sur justification expresse de celle-ci.

L'usage de la voie aérienne peut être autorisé par l'autorité qui ordonne le déplacement lorsque l'intérêt du service ou les conditions tarifaires le justifient. Le transport s'effectue en classe économique. Le surclassement peut être autorisé lorsque la durée du voyage est supérieure à sept heures et que la durée de la mission est inférieure à sept jours.

Dans les cas où elle est autorisée par l'autorité qui ordonne le déplacement, l'utilisation par l'agent de son véhicule personnel pour sa propre convenance donne lieu à une indemnisation sur la base du tarif transport public de voyageurs le moins onéreux.

Les titulaires d'une carte de réduction sont tenus d'en faire état lors de la préparation de la mission. Lorsqu'un agent bénéficie, à sa demande, de conditions de transport différentes de celles retenues par l'administration, le complément éventuel est à sa charge.

Hors les cas d'imprévisibilité de la mission, il est possible de ne pas recourir au voyagiste dans les cas suivants :
― lorsque l'agence du prestataire est trop éloignée du lieu de la commande (possibilité d'achat direct au guichet SNCF) ;
― lorsque les transporteurs offrent des conditions tarifaires plus avantageuses et non accessibles au prestataire (achat via internet par exemple).
En pareils cas, l'agent fait l'avance des frais et est remboursé sur présentation du justificatif de transport.