Les pharmaciens inspecteurs de santé publique effectuent une période de stage probatoire d'un an qui se déroule sur le principe de l'alternance entre des séquences de formation à l'Ecole des hautes études en santé publique, des modules de formation de spécialisation et des périodes de stages, notamment au sein du service d'affectation du stagiaire.
En vue du renforcement des fondamentaux et dans l'optique d'une adaptation du processus d'apprentissage, la formation est répartie comme suit.
Les enseignements à l'Ecole des hautes études en santé publique comprennent :

- une période de tronc commun : cette période d'une durée minimale de dix-sept semaines regroupe des enseignements en interfiliarité ainsi que des modules techniques spécifiques aux stagiaires pharmaciens inspecteurs de santé publique ;
- une période de spécialisation répondant au profil de chaque stagiaire et aux besoins du poste d'affectation, d'une durée minimale de huit semaines réparties sur l'année de formation.

Pour les agents affectés en agence régionale de santé, au minimum trois semaines de spécialisation portent sur l'inspection, dont une semaine d'études de cas et de restitutions sous la forme de mises en situation professionnelle.
Tout au long de la formation, le contenu et la durée sont déterminés en fonction du parcours et des expériences professionnelles antérieures de chaque stagiaire d'une part, et des exigences du poste d'affectation d'autre part.
Le directeur de l'Ecole des hautes études en santé publique peut, en fonction de leur formation universitaire ou de leurs acquis professionnels antérieurs, dispenser les pharmaciens inspecteurs stagiaires de certains enseignements ou stages. Dans l'hypothèse d'une telle dispense, le directeur de l'Ecole des hautes études en santé publique propose en remplacement d'autres formations ou stages personnalisés.

Les enseignements portent principalement sur des notions de droit administratif et pénal, l'étude de la législation pharmaceutique, une actualisation des connaissances scientifiques et technologiques et l'acquisition de méthodes d'inspection-contrôle, d'audit, de gestion de projets, de compétences en management, en pharmaco-économie ainsi que dans la gestion des crises sanitaires et en analyse et gestion des risques en santé.