La sous-direction Administration traite des questions concernant l'administration générale, le contentieux, la gestion financière, la comptabilité, les marchés et l'administration du personnel.
Elle prépare les budgets du service et du compte de commerce et en suit l'exécution.
Elle définit les tarifs de remboursement applicables aux cessions du service.
Elle participe à l'administration et à la gestion du personnel militaire et du personnel civil du service.
Elle traite des effectifs, du recrutement, de la formation du personnel civil et de la discipline.
Elle définit et coordonne l'emploi des moyens informatiques.