L'entrepôt est compartimenté en cellules de stockage afin de limiter la quantité de matières combustibles en feu lors d'un incendie.
Ce compartimentage doit permettre de prévenir la propagation d'un incendie d'une cellule de stockage à l'autre.
Pour atteindre cet objectif, les cellules doivent respecter les dispositions suivantes :

• les parois qui séparent les cellules de stockage doivent être des murs coupe-feu de degré minimum 2 heures ;
• les percements effectués dans les murs ou parois séparatifs, par exemple pour le passage de gaines, sont rebouchés afin d'assurer un degré coupe-feu équivalent à celui exigé pour ces murs ou parois séparatifs ;
• les ouvertures effectuées dans les murs ou parois séparatifs, par exemple pour le passage de galeries techniques, sont munies de dispositifs assurant un degré coupe-feu équivalent à celui exigé pour ces murs ou parois séparatifs ;
• les portes communicantes entre les cellules doivent être coupe-feu de degré 2 heures et munies d'un dispositif de fermeture automatique qui doit pouvoir être commandé de part et d'autre du mur de séparation des cellules. La fermeture automatique des portes coupe-feu ne doit pas être gênée par des obstacles ;
• les parois séparatives doivent dépasser d'au moins 1 mètre la couverture au droit du franchissement. La toiture doit être recouverte d'une bande de protection sur une largeur minimale de 5 mètres de part et d'autre des parois séparatives. Alternativement aux bandes de protection, une colonne sèche placée le long des parois séparatives peut assurer cette protection sous réserve de justification ;
• si les murs extérieurs n'ont pas un degré coupe-feu 1 heure, les parois séparatives de ces cellules sont prolongées latéralement aux murs extérieurs sur une largeur de 1 mètre ou de 0,50 mètre en saillie de la façade dans la continuité de la paroi.

La taille des surfaces des cellules de stockage doit être limitée de façon à réduire la quantité de matières combustibles en feu et d'éviter la propagation du feu d'une cellule à l'autre.
La surface maximale des cellules est égale à 3 000 mètres carrés en l'absence de système d'extinction automatique d'incendie ou 6 000 mètres carrés en présence de système d'extinction automatique d'incendie.
Le préfet peut autoriser l'exploitation de l'entrepôt pour des tailles de cellules supérieures, en présence de système d'extinction automatique d'incendie, sous réserve d'une justification du niveau de sécurité par l'exploitant, comportant une étude spécifique d'ingénierie incendie au sens du sixième alinéa de l'article 6. Cette justification doit faire l'objet d'une analyse critique conformément aux dispositions de l'article 3 du décret n° 77-1133 du 21 septembre 1977.
L'autorisation ne peut être délivrée qu'après avis du Conseil supérieur de de la prévention des risuqes technologiques au vu d'un rapport de l'inspection des installations classées et de l'avis du conseil départemental d'hygiène.

Les matières chimiquement incompatibles ou qui peuvent entrer en réaction entre elles de façon dangereuse, ou qui sont de nature à aggraver un incendie ne doivent pas être stockées dans la même cellule.
De plus, les matières dangereuses doivent être stockées dans des cellules particulières. Ces cellules particulières sont situées en rez-de-chaussée sans être surmontées d'étages ou de niveaux.

Les matières conditionnées en masse (sac, palette, etc.) forment des îlots limités de la façon suivante :
1° Surface maximale des îlots au sol : 500 mètres carrés ;
2° Hauteur maximale de stockage : 8 mètres maximum ;
3° Distance entre deux îlots : 2 mètres minimum ;
4° Une distance minimale de 1 mètre est maintenue entre le sommet des îlots et la base de la toiture ou le plafond, ou de tout système de chauffage ; cette distance doit respecter la distance minimale nécessaire au bon fonctionnement du système d'extinction automatique d'incendie, lorsqu'il existe.
Concernant les matières stockées en rayonnage ou en palettier, les dispositions des 1°, 2° et 3° ne s'appliquent pas lorsqu'il y a présence de système d'extinction automatique. La disposition 4° est applicable dans tous les cas.
La hauteur de stockage des matières dangereuses liquides est limitée à 5 mètres par rapport au sol intérieur, quel que soit le mode de stockage.
Les matières stockées en vrac sont séparées des autres matières par un espace minimum de 3 mètres sur le ou les côtés ouverts. Une distance minimale de 1 mètre est respectée par rapport aux parois, aux éléments de structure et à la base de la toiture ou du plafond, ou de tout système de chauffage.

Le sol des aires et des locaux de stockage ou de manipulation des matières dangereuses ou susceptibles de créer une pollution de l'eau ou du sol doit être étanche, incombustible et équipé de façon à pouvoir recueillir les eaux de lavage et les matières répandues accidentellement.
Tout stockage de matières liquides susceptibles de créer une pollution de l'eau ou du sol doit être associé à une capacité de rétention interne ou externe dont le volume doit être au moins égal à la plus grande des deux valeurs suivantes :
100 % de la capacité du plus grand réservoir ;
50 % de la capacité globale des réservoirs associés.
Toutefois, lorsque le stockage est constitué exclusivement de récipients de capacité unitaire inférieure ou égale à 250 litres, admis au transport, le volume minimal de la rétention est égal soit à la capacité totale des récipients si cette capacité est inférieure à 800 litres, soit à 20 % de la capacité totale avec un minimum de 800 litres si cette capacité excède 800 litres. Cet alinéa ne s'applique pas aux stockages de liquides inflammables.
Des réservoirs ou récipients contenant des matières susceptibles de réagir dangereusement ensemble ne doivent pas être associés à la même cuvette de rétention.

Toutes mesures sont prises pour recueillir l'ensemble des eaux et écoulements susceptibles d'être pollués lors d'un sinistre, y compris les eaux utilisées pour l'extinction d'un incendie et le refroidissement, afin que celles-ci soient récupérées ou traitées afin de prévenir toute pollution des sols, des égouts, des cours d'eau ou du milieu naturel. Ce confinement peut être réalisé par des dispositifs internes ou externes aux cellules de stockage. Les dispositifs internes sont interdits lorsque des matières dangereuses sont stockées.
Dans le cas d'un confinement externe, les matières canalisées doivent, de manière gravitaire, être collectées puis converger vers une capacité spécifique extérieure au bâtiment. Les orifices d'écoulement doivent être munis d'un dispositif automatique d'obturation pour assurer ce confinement. Tout moyen doit être mis en place pour éviter la propagation de l'incendie par ces écoulements.
Le volume nécessaire à ce confinement est déterminé, notamment au vu de l'étude de dangers, en fonction de la rapidité d'intervention et des moyens d'intervention ainsi que de la nature des matières stockées, et mentionné dans l'arrêté préfectoral.
Les réseaux de collecte des effluents et des eaux pluviales de l'établissement sont équipés d'obturateurs de façon à maintenir toute pollution accidentelle, en cas de sinistre, sur le site. Ces dispositifs sont maintenus en état de marche, signalés et actionnables en toute circonstance localement et à partir d'un poste de commande. Leur entretien et leur mise en fonctionnement sont définis par consigne.