La taxe prévue à l'article 3 du décret du 19 décembre 1991 susvisé, tant dans sa part fixe que dans sa part proportionnelle, est recouvrée par le Comité national de la conchyliculture, conformément à l'article 7 de ce même décret.
La taxe prévue à l'article 4 du décret du 19 décembre 1991 susvisé est recouvrée par l'Ifremer sur la base des déclarations annuelles adressées aux services des affaires maritimes. A cet effet, le redevable doit être en mesure de fournir à ces services, sous la garantie du secret professionnel, toutes justifications de nature à permettre le contrôle de ces obligations.