La procédure de recueil du signalement émis par le lanceur d'alerte comprend trois phases :

- la phase d'examen de recevabilité du signalement : cette phase doit permettre la vérification du respect du périmètre de l'alerte, de la bonne foi de l'auteur du signalement, de sa connaissance personnelle et directe des faits et du caractère désintéressé de sa démarche conformément à l'article 5 du présent arrêté ;

- la phase de vérification de la véracité des faits. Cette phase peut comporter des échanges avec l'auteur du signalement ;

- la phase de traitement : transmission aux autorités compétentes ou clôture de la procédure.

L'auteur du signalement est informé régulièrement et tout au long de la procédure des suites données à son alerte ainsi que des délais prévisibles du traitement qui ne sauraient excéder trois mois.