La direction scientifique du site de Fontainebleau est chargée : ― du fonctionnement scientifique du site ; ― de la préparation du déménagement des fonds en coordination avec la mission du projet « Pierrefitte-sur-Seine » ; ― de la définition du projet scientifique à l'ouverture du site de Pierrefitte-sur-Seine ; ― de la collecte des archives publiques pour l'ensemble du service Archives nationales en lien avec la direction générale des patrimoines; ― de la gestion des espaces de conservation et de communication du site. Elle relaie l'action de la direction administrative et financière sur le site.