La direction scientifique du site de Paris, qui comprend les sections scientifiques et le département de l'orientation et de la communication, est chargée :
― du fonctionnement scientifique du site ;
― de la préparation du déménagement des fonds en coordination avec la mission du projet « Pierrefitte-sur-Seine » ;
― de la définition du projet scientifique à l'ouverture du site de Pierrefitte-sur-Seine ;
― de la collecte des archives privées et des minutes des notaires de Paris pour l'ensemble du service Archives nationales.