Le service des systèmes d'information de la marine est dirigé par un directeur central, officier général de la marine.

Le directeur central du service des systèmes d'information de la marine est directement responsable devant le ministre de la défense de l'administration du service. Il est placé sous l'autorité du chef d'état-major de la marine.

Le directeur central des systèmes d'information de la marine est assisté d'un directeur adjoint qui le remplace en cas d'absence ou d'empêchement.

Il dispose d'un bureau sûreté ainsi que d'un délégué central à la prévention, qui lui sont directement rattachés.