L'assemblée générale de l'inspection générale de l'environnement et du développement durable est composée de l'ensemble des agents du service de l'inspection générale. Elle est présidée par le chef du service qui la réunit au moins deux fois par an et en fixe l'ordre du jour. La convocation accompagnée de l'ordre du jour et, le cas échéant, des documents qui s'y rapportent, est adressée aux membres de l'assemblée au moins huit jours avant la tenue de la réunion.
Le programme d'activité de l'inspection générale de l'environnement et du développement durable ainsi qu'un bilan d'activité sont débattus chaque année à l'assemblée générale.
L'assemblée générale connaît des projets d'évolution des textes d'organisation du service et est consultée sur l'élaboration et la modification de la charte de déontologie de l'inspection générale de l'environnement et du développement durable. Elle peut examiner des synthèses de travaux préparées par la section études, synthèse, prospective et données.

Le comité d'orientation de l'inspection générale de l'environnement et du développement durable est présidé par le chef du service, qui le réunit au moins six fois par an. Il comprend le secrétaire général, les présidents de section, le président de la formation d'autorité environnementale et les coordonnateurs des missions d'inspection générale territoriales. En tant que de besoin, le chef du service peut convier tout agent de l'inspection générale de l'environnement et du développement durable à assister aux réunions du comité d'orientation.

Le comité d'orientation assiste le chef de l'inspection pour la gestion de celle-ci, la définition de ses activités et méthodes et la répartition des moyens qui lui sont alloués. Il est consulté sur les orientations du programme annuel de travail et du rapport d'activité.