Par arrêté du ministre de l'économie et des finances en date du 3 mars 2017, le groupement d'intérêt public « Système national d'enregistrement » est soumis au contrôle économique et financier prévu par le décret n° 55-733 du 26 mai 1955. Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel près le ministère chargé du logement est désigné pour exercer ce contrôle.