Le préfet de la région ou son représentant établit une liste des demandes éligibles conformément aux dispositions des articles 4, 5, 6 et 7.
Les dossiers complets sont examinés par les services compétents de l'Etat au niveau déconcentré puis transmis à la direction des pêches maritimes et de l'aquaculture pour sélection et décision des dossiers.
A réception de l'avis favorable figurant sur la décision de la direction des pêches maritimes et de l'aquaculture, une convention ou un arrêté individuel d'attribution de l'aide à l'arrêt temporaire d'activité pris par le préfet de région ou son représentant est transmis au demandeur. Il y figure notamment le nombre maximal de journées d'arrêt indemnisables auquel le demandeur peut prétendre.
Le demandeur dispose d'un délai de deux semaines en jours francs à compter de la notification de la convention pour la retourner signée par tout moyen au préfet de région ou son représentant. A défaut, sa demande d'arrêt est réputée caduque et son navire est radié de la liste des navires retenus.
La liste des navires retenus pour l'aide à l'arrêt temporaire est publiée par le ministre chargé des pêches maritimes.