La sous-direction des affaires économiques et financières est chargée de l'élaboration et de la gestion du budget de la construction aéronautique civile. Elle gère la procédure de remboursement des avances consenties aux industriels. Elle assiste les autres entités de la direction pour la réalisation d'études à caractère économique ou financier. Elle gère les personnels de la direction en liaison avec le service des ressources humaines de la direction générale de l'aviation civile. Elle assure la logistique générale de la direction.