Le directeur comptable et financier de l'union est nommé par le directeur général de la Caisse nationale de l'assurance maladie, conformément aux dispositions de l'article L. 217-3-1 du code de la sécurité sociale. Le conseil peut s'opposer à la nomination à la majorité des deux tiers selon les modalités fixées par l'article R. 217-10 du code de la sécurité sociale. Le directeur comptable et financier est placé sous l'autorité administrative du directeur. Il est chargé sous sa propre responsabilité de l'ensemble des opérations financières et comptables de l'union. Il soumet au conseil le compte financier qu'il a établi.

En cas d'absence ou d'empêchement, ses fonctions sont exercées par le fondé de pouvoir. En cas de vacance d'emploi, ses fonctions sont exercées par le fondé de pouvoir jusqu'à la nomination par le directeur général de la Caisse nationale de l'assurance maladie d'un nouveau directeur comptable et financier.