Le préfet peut demander au déclarant de mettre en place un programme d'autosurveillance de la qualité des effluents rejetés. Ce programme est alors défini de la manière suivante :
- fréquence des prélèvements ;
- emplacements des points de mesure ;
- éléments à faire analyser.
Les mesures sont effectuées sous la responsabilité du déclarant après en avoir présenté l'organisation au service chargé de la police de l'eau pour validation. Il tient alors obligatoirement un registre sur lequel sont reportées les opérations faites dans ce cadre et les résultats obtenus. Le service chargé de la police de l'eau a libre accès à tout moment au registre de l'autosurveillance et aux dispositifs et engins en activité liés à l'opération.
En cas de rejet à proximité d'une zone de pisciculture, de conchyliculture, de culture marine ou de baignade ou à l'amont d'un captage d'eau potable, le préfet peut demander que soient effectués des suivis bactériologiques ou des déterminations de concentrations en métaux lourds, ou tout autre élément dont le suivi s'avérerait nécessaire, tant dans le milieu à l'aval du rejet que dans la chair des poissons ou des coquillages dans le cas d'un rejet dans le milieu marin. Le nombre de points de prélèvements, leur situation et leur fréquence sont soumis préalablement à l'accord du service chargé de la police de l'eau.
Lorsque le rejet est assujetti au fonctionnement d'une vanne asservie à la marée, le préfet peut demander à ce qu'un enregistrement des heures de fonctionnement de ce dispositif soit réalisé et adressé annuellement dans le cadre de l'autosurveillance au service chargé de la police de l'eau.
Les frais d'analyses inhérents à l'autosurveillance et au suivi dans le milieu (eau, sédiment) et dans la chair des poissons ou des coquillages sont à la charge du déclarant.

Dans le cadre du programme d'analyses que peut imposer le préfet, les résultats sont inclus dans le rapport prévu à l'article 3 et communiqués au moins annuellement au service chargé de la police de l'eau.
S'il y a suivi bactériologique imposé dès lors que le rejet se situe à proximité d'une zone de pisciculture, de conchyliculture, de culture marine, de baignade ou de loisirs nautiques ou à proximité d'un captage d'eau potable, les résultats sont communiqués au service chargé de la police de l'eau dès que le déclarant en a connaissance. Pour les concentrations en métaux lourds ou tout autre élément contaminant qui peuvent être imposés dans le même cadre, ils sont communiqués dans les quinze jours qui suivent l'obtention des résultats au service chargé de la police de l'eau.
L'ensemble des résultats fourni par le pétitionnaire peut faire l'objet d'un rapport annuel au conseil départemental de l'environnement et des risques sanitaires et technologiques.

Si le rejet est périodique, le préfet peut demander au déclarant de modifier les débits, les périodes et les temps de rejet pour s'adapter aux conditions hydrodynamiques, aux débits en période d'étiage naturel ou de crue ou par mesure de salubrité publique.