Le dispositif de rejet est aménagé de manière à réduire autant que possible la perturbation apportée par le déversement au milieu récepteur, aux abords du point de rejet, compte tenu des utilisations de l'eau à proximité immédiate de celui-ci.
En particulier, lorsque le rejet a lieu à moins de 1 kilomètre d'une zone de baignade au sens des articles D. 1332-1 et D. 1332-16 du code de la santé publique, d'une zone de conchyliculture ou de cultures marines, d'un captage d'eau potable, en amont d'une zone de pisciculture, dans un parc régional naturel, un parc national, une réserve naturelle ou dans une zone où s'appliquent des mesures conservatoires de biotopes aquatiques, des conditions particulières doivent être respectées, notamment pour :
- une zone située à moins de 1 kilomètre d'un captage d'eau potable, le rejet ne doit pas entraîner d'incidences notables sur la qualité de la ressource brute destinée à la production d'eau potable ;
- une zone de conchyliculture ou de culture marine, le rejet ne doit pas entraîner un déclassement de la zone tel que défini par arrêté préfectoral pris en application de l'article R. 231-38 du code rural ;
- une zone située en amont des zones soumises aux dispositions des articles L. 411-2 du code de l'environnement et L. 332-1 du code de l'environnement, le rejet ne doit pas entraîner un déclassement de la zone ;
- une zone de baignade, le rejet ne doit pas être à l'origine d'une détérioration de la qualité habituellement constatée au sens de l'article L. 1332-4 du code de la santé publique ;
- un arrêté de biotope, le rejet ne doit pas entraîner une dégradation du biotope considéré tel que protégé par arrêté pris en application de l'article R. 411-15 du code de l'environnement.

Le(s) point(s) de rejet(s) est (sont) déterminé(s) de manière à réduire au minimum les effets des déversements sur les eaux réceptrices, notamment pour les captages d'eau potable, les zones de baignade et autres loisirs nautiques, les zones de pisciculture, de conchyliculture ou de cultures marines. Ce point de déversement ne doit pas en outre faire obstacle à l'écoulement des eaux. Toutes les dispositions doivent être prises pour prévenir l'érosion des fonds ou des berges, assurer le curage des dépôts et limiter leur formation. Sauf justification expresse du déclarant, le rejet dans le domaine public maritime ou fluvial doit s'effectuer au-dessous de la laisse de basse mer.

Si le rejet doit s'effectuer dans un cours d'eau, il doit être réalisé dans le lit mineur du cours d'eau.
L'exutoire est conçu de telle sorte qu'il assure la meilleure dilution du rejet dans le milieu récepteur. A cet effet, le préfet peut imposer de rallonger la conduite de rejet. L'ouvrage de rejet est réalisé de manière à ne pas gêner la navigation et la circulation sur le domaine public maritime et fluvial si la conduite de rejet est rallongée par rapport au mur de tête. Toute précaution doit être prise par le déclarant pour assurer la stabilité des berges au niveau de ce dernier ouvrage.
Si, sur le rivage ou l'estran, la conduite de rejet fait saillie, elle est orientée de manière à ne pas entraver l'écoulement des eaux ni retenir les corps flottants.
Un plan de l'exécution du dispositif de rejet est remis au service chargé de la police de l'eau.