Le syndicat peut procéder à la neutralisation budgétaire partielle ou totale de la dotation aux amortissements des bâtiments publics diminuée du montant de la reprise annuelle des subventions d'équipement reçues pour le financement de ces équipements, par une dépense de la section d'investissement et une recette de la section de fonctionnement.
Ce choix peut être opéré chaque année par le syndicat, qui présente l'option retenue dans le budget.
Les bâtiments du domaine privé du syndicat productifs de revenus n'entrent pas dans le champ de la neutralisation des amortissements, sauf s'ils sont affectés directement ou indirectement à l'usage du public ou du service public administratif.