Par arrêté du ministre de l'éducation nationale en date du 26 octobre 2007, délégation est donnée à M. Pierre-Yves Duwoye, secrétaire général du ministère de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche pour présider le conseil territorial de l'éducation nationale en cas d'empêchement du ministre de l'éducation nationale.
En cas d'empêchement de M. Pierre-Yves Duwoye, la présidence du conseil territorial de l'éducation nationale est assurée par M. Jean-Louis Nembrini, directeur général de l'enseignement scolaire au ministère de l'éducation nationale.