L'agent comptable peut exercer par sondage le contrôle portant sur la qualité de l'ordonnateur, l'intervention préalable des contrôles réglementaires, la réalité de la créance, la présence des pièces justificatives, l'exactitude des calculs de liquidation, le caractère libératoire du règlement, l'imputation budgétaire et l'application des règles de prescription et de déchéance. En revanche, un contrôle exhaustif est maintenu s'agissant de la disponibilité des crédits et de l'absence d'opposition.
Un plan de contrôle, établi par l'agent comptable sur la base d'une analyse de risque et adapté aux caractéristiques de chaque type d'aide, fixe les modalités précises de ses contrôles et les critères de sélection des dépenses qui seront contrôlées. Il peut prévoir un système global applicable à l'ensemble des aides payées ou décliné pour chaque catégorie de dépense d'intervention.
Les critères de sélection doivent notamment prendre en compte le montant par dossier, le risque lié à l'historique du créancier, le niveau de complexité juridique, technique ou financière de l'opération, le caractère récurrent ou non de la dépense, un système de sélection aléatoire, les contrôles préalablement exercés dans la chaîne d'instruction des dossiers par les services déconcentrés de l'Etat, les services des donneurs d'ordre, les services ordonnateurs ou les corps de contrôle externe et tout autre critère que l'agent comptable estimera de nature à garantir la représentativité de l'échantillon. L'analyse de risque doit également tenir compte des procédés informatiques mis en place, de l'intervention éventuelle des services de l'agence comptable en amont de la chaîne informatique et de la fiabilité de cette dernière.
Le plan de contrôle fixe un objectif de taux de contrôle qui ne peut être inférieur à 5 % du nombre de dossiers ordonnancés pour les interventions dans les secteurs de l'agriculture, de l'alimentation, de la pêche, des affaires rurales et de l'environnement et à 1 % dans les secteurs des affaires sociales, de l'emploi, du travail et de la solidarité, sauf dérogation dûment justifiée par des circonstances exceptionnelles décrites dans le plan de contrôle. Ce dernier détermine également un taux de contrôle maximum dont le niveau pourra évoluer en fonction des résultats du contrôle.
L'agent comptable rédige un compte rendu annuel de l'application de son plan de contrôle visant à évaluer son efficacité et son impact.