Le dispositif de contrôle interne est arrêté par le directeur général du CNASEA, après avis de l'inspection générale et de l'agent comptable. Il est agréé par le ministre chargé du budget, par le ministre chargé de l'agriculture et par le ministre chargé des affaires sociales, du travail et de la solidarité. A défaut d'observations dans le délai d'un mois à compter de la réception par les ministères de tutelle, ce dispositif est réputé approuvé.
Ce dispositif comporte notamment :
- une description des contrôles internes mis en oeuvre au sein de l'établissement, précisant notamment les décisions prises ou à prendre pour les renforcer et fixant, si nécessaire, des objectifs d'amélioration pour l'année à venir ;
- une liste des contrôles intégrés dans les traitements informatisés ainsi que la liste des tables, paramètres, référentiels et modes de calcul ;
- les conditions de contrôle d'une aide nouvelle prise en charge dans l'attente de l'élaboration du manuel de procédure et du guide de contrôle la concernant ;
- les taux de contrôles sur pièces réalisés par l'ordonnateur et définis pour chaque aide en fonction notamment du nombre de dossiers, du montant des enjeux financiers et des risques encourus.
Ce dispositif fait l'objet pour chaque aide d'un manuel de procédure et d'un guide de contrôle.
Le manuel de procédure décrit les différents processus nécessaires à la gestion de l'aide et le rôle des différents intervenants sur l'ensemble de la procédure. Il n'est établi que pour les aides dont le budget ou le nombre de dossiers estimés dépassent un seuil fixé en accord avec le ministère concerné et le comptable, sauf dispositions contraires édictées pour le régime d'aides. S'agissant des collectivités locales, les règles de contrôle sont fixées par le cahier des charges.
Il précise notamment les contrôles ainsi que les paramètres et modes de calcul nécessaires à la liquidation de la dépense, qui font l'objet d'une validation par le comptable avant d'être intégrés dans les traitements informatisés.
Il fixe également la liste des pièces justificatives de la dépense et le lieu de leur conservation, lorsqu'ils n'ont pas été déterminés préalablement par l'autorité administrative compétente.
Il arrête la liste des pièces justificatives à transmettre au comptable avant paiement ; le comptable peut à tout moment demander la production de la totalité des pièces ou les consulter sur leur lieu de conservation. Le directeur général du CNASEA s'assure de la préservation des pièces justificatives en liaison, lorsque celles-ci ne sont pas sous sa responsabilité directe, avec l'autorité administrative compétente ; ces pièces sont conservées pendant dix ans au moins à partir de la clôture de l'exercice auquel elles se rappportent.
Le guide de contrôle décrit les contrôles effectués, qu'ils soient réalisés de façon exhaustive ou par sondage, par l'établissement ou par un tiers habilité, ainsi que les dispositifs d'autocontrôle éventuellement élaborés.