La nomenclature des destinations de dépenses comprend trois agrégats :
Le premier agrégat se rapporte à l'activité conduite par les unités de recherche organisées en groupements régionaux. Au sein de cet agrégat, les dépenses sont présentées selon deux ventilations :

• par groupement régional d'unités de recherche : le budget est exécuté selon cette première ventilation ;
• par axe thématique de recherche.

Les dotations à répartir du premier agrégat correspondent :

• aux dépenses de formation par la recherche ;
• aux actions thématiques transversales aux groupements régionaux ou aux axes thématiques de recherche ;
• aux autres moyens à répartir.

Le deuxième agrégat se rapporte aux actions communes de l'établissement, qui comprennent :

• les grands équipements scientifiques transversaux à plusieurs axes thématiques de recherche ;
• la formation permanente ;
• la valorisation de la recherche ;
• les échanges internationaux ;
• l'information scientifique et technique.

Les dotations à répartir du deuxième agrégat correspondent aux moyens non répartis en début d'exercice.
Le troisième agrégat se rapporte aux fonctions support. Ces fonctions comprennent :

• l'action sociale ;
• les moyens informatiques communs ;
• les acquisitions immobilières ;
• les constructions et gros travaux immobiliers ;
• les moyens généraux de la direction générale ;
• les opérations financières ;
• les autres dépenses générales.

Les dotations à répartir du troisième agrégat correspondent aux moyens non répartis en début d'exercice.
Hors agrégats, une réserve pour hausse des rémunérations et des charges sociales est constituée.
Une dotation à répartir est également prévue.