Le cycle de formation professionnelle est organisé autour d'enseignements modulaires, alternant des périodes de formation théorique et de stage dans les services de la direction générale des douanes et droits indirects et en tous lieux désignés par le chef de la direction nationale du recrutement et de la formation professionnelle. Il comprend les modules d'enseignement suivants :

- un enseignement dédié à la connaissance de l'environnement ministériel et douanier, national, européen et international ;
- des enseignements généraux et compétences transverses sur les missions d'un fonctionnaire ;
- des enseignements fondamentaux sur les missions douanières ;
- un ou plusieurs stages destinés à la découverte de l'environnement professionnel ;
- une formation différenciée en lien avec les premières fonctions occupées ;
- un stage de professionnalisation.