Les fonctionnaires, magistrats ou militaires entrant dans le corps des directeurs des services pénitentiaires par intégration directe suivent une formation individualisée d'adaptation à leurs nouvelles fonctions de direction, dont le cahier des charges détaillé est validé par instruction du directeur de l'administration pénitentiaire. Cette formation doit avoir été dispensée préalablement à la prise effective du poste.
Cette formation obligatoire doit faciliter leur prise de poste et leur intégration.
Elle doit notamment permettre l'acquisition et le développement des compétences nécessaires aux fonctions que ces cadres supérieurs sont appelés à exercer.
Elle vise à inscrire les directeurs des services pénitentiaires dans une fonction managériale de cadre supérieur dans les fonctions visées à l'article 1er.
Pour compléter les compétences des fonctionnaires entrant dans le corps des directeurs des services pénitentiaires, elle comprend notamment des enseignements sur la prise en charge des publics sous main de justice, la sécurité et la sûreté des établissements pénitentiaires, la gestion des ressources humaines, le management, la gestion économique, budgétaire et financière, la gestion déléguée, la responsabilité pénale et administrative, le contentieux administratif, les droits et obligations des fonctionnaires.
Cette formation individualisée d'adaptation à la fonction, décrite dans le cahier des charges détaillé de la formation précité, validé par instruction du directeur de l'administration pénitentiaire, vérifie les principes rédigés dans les articles suivants.

Suite à leur intégration directe, les agents mentionnés à l'article 39 bénéficient d'une formation organisée avant la prise effective de poste. Elle comporte :
― un socle commun de formations obligatoires (stages et enseignements théoriques ou pratiques) prévues dans le cahier des charges détaillé de la formation précité d'une durée minimale de trois mois ;
― une formation complémentaire individualisée. Celle-ci est formalisée dans un contrat de professionnalisation signé par le directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire, le directeur interrégional des services pénitentiaires géographiquement compétent et le fonctionnaire. Cette formation complémentaire doit être effectuée dans l'année qui suit la date d'entrée en formation.
Ainsi, préalablement à la formation, il est procédé à un entretien d'évaluation des besoins par l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire du fonctionnaire nouvellement intégré directement.
Le directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire est responsable l'initialisation et de la rédaction des contrats de professionnalisation. Leur suivi est effectué par les directions interrégionales des services pénitentiaires, qui rendent compte au directeur de l'administration pénitentiaire des difficultés rencontrées.

Le socle commun de formation comprend des enseignements théoriques ou pratiques effectués pour partie à l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire et des stages pratiques.
Les stages en structures pénitentiaires visent, d'une part, à apporter au fonctionnaire une connaissance pratique de son positionnement dans l'organisation et le fonctionnement de ces services et, d'autre part, à évaluer sa capacité d'adaptation aux fonctions devant être exercées.
Les stages font l'objet d'évaluations par le responsable de service ou de l'établissement sur la base d'une grille d'évaluation contenue dans le cahier des charges détaillé de la formation précité.
Le directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire est responsable de la constitution des contrats de professionnalisation. Leur suivi est effectué par les directions interrégionales, qui rendent compte au directeur de l'administration pénitentiaire des difficultés rencontrées.