Par arrêté du ministre du budget, des comptes publics, de la fonction publique et de la réforme de l'Etat en date du 24 décembre 2009, le contrôleur budgétaire et comptable ministériel des services du Premier ministre est désigné en qualité d'autorité chargée du contrôle financier de l'Institut national des hautes études de la sécurité et de la justice.