Par arrêté de la ministre de l'économie, de l'industrie et de l'emploi et du ministre du budget, des comptes publics, de la fonction publique et de la réforme de l'Etat en date du 23 novembre 2009, il est créé une mission fonctionnelle « contrôle » au sein du service du contrôle général économique et financier.
Cette mission est chargée des questions d'intérêt commun relatives à l'exercice des attributions de ce service dans le domaine du contrôle. Elle intervient en matière de programmation et de pilotage des activités, de méthodologie et de qualité, notamment en appui des secteurs et des missions du service.
Elle exerce, dans le domaine du contrôle, les activités que lui confient les ministres et le chef du service du contrôle général économique et financier.