L'agence financière et comptable comporte :
8.1. Le bureau de la dépense (AFC1) :

• visa des dépenses générales ;
• contrôle des marchés ;
• validation des procédures informatisées des ouvertures de droits et des dépenses d'assurance maladie.

8.2. Le bureau du recouvrement (AFC2) :

• contrôle des ordres de recettes ;
• recouvrement amiable et contentieux des créances.

8.3. Le bureau de la comptabilité (AFC3) :

• centralisation des opérations comptables ;
• suivi de la trésorerie ;
• établissement du compte financier.

8.4. Le bureau du budget et de la gestion financière (AFC4) :
- prévisions financières et budgétaires et rédaction des documents correspondants ;
- centralisation de l'exécution budgétaire administrative :

• préparation des décisions relevant de l'ordonnateur ;
• suivi de l'exécution par les services gestionnaires de crédits ;
• analyse des dépenses et des recettes et synthèses financières ;
• préparation des décisions relatives aux salaires forfaitaires des marins ;
• préparation des mesures d'accompagnement du recouvrement (remises gracieuses et admissions en non-valeur) ;
• représentation du régime dans les instances interrégimes de compensation financière ou de répartition de dépenses globalisées ;
• relations financières avec les partenaires du régime ;
• élaboration et suivi de réglementation concernant la gestion financière et comptable du régime, en liaison avec la sous-direction de la sécurité sociale des marins.

8.5. La mission d'études et de recherches économiques et statistiques (AFC5) :

• réalisation des études prospectives, économiques, statistiques et démographiques propres à éclairer la politique de protection sociale des marins ;
• établissement et analyse des statistiques du régime ;
• représentation du régime au sein des instances interministérielles ou inter-régimes compétentes dans le domaine de la prévision et des statistiques de la protection sociale ;

relations avec les institutions de recherche spécialisées.
8.6. La mission du contrôle interne et externe (AFC6) :

• établissement des procédures et des tableaux de bord relatifs au contrôle interne ;
• contrôle et audit des services ;
• proposition de définition d'une politique de contrôle de gestion du régime spécial ;
• analyse et synthèse des actions de contrôle ;

préconisations de changement.