L'agence financière et comptable comporte :
8.1. Le bureau de la dépense (AFC1) :
- visa des dépenses générales ;
- contrôle des marchés ;
- validation des procédures informatisées des ouvertures de droits et des dépenses d'assurance maladie.
8.2. Le bureau du recouvrement (AFC2) :
- contrôle des ordres de recettes ;
- recouvrement amiable et contentieux des créances.
8.3. Le bureau de la comptabilité (AFC3) :
- centralisation des opérations comptables ;
- suivi de la trésorerie ;
- établissement du compte financier.
8.4. Le bureau du budget et de la gestion financière (AFC4) :
- prévisions financières et budgétaires et rédaction des documents correspondants ;
- centralisation de l'exécution budgétaire administrative :
- préparation des décisions relevant de l'ordonnateur ;
- suivi de l'exécution par les services gestionnaires de crédits ;
- analyse des dépenses et des recettes et synthèses financières ;
- préparation des décisions relatives aux salaires forfaitaires des marins ;
- préparation des mesures d'accompagnement du recouvrement (remises gracieuses et admissions en non-valeur) ;
- représentation du régime dans les instances interrégimes de compensation financière ou de répartition de dépenses globalisées ;
- relations financières avec les partenaires du régime ;
- élaboration et suivi de réglementation concernant la gestion financière et comptable du régime, en liaison avec la sous-direction de la sécurité sociale des marins.
8.5. La mission d'études et de recherches économiques et statistiques (AFC5) :
- réalisation des études prospectives, économiques, statistiques et démographiques propres à éclairer la politique de protection sociale des marins ;
- établissement et analyse des statistiques du régime ;
- représentation du régime au sein des instances interministérielles ou inter-régimes compétentes dans le domaine de la prévision et des statistiques de la protection sociale ; relations avec les institutions de recherche spécialisées.
8.6. La mission du contrôle interne et externe (AFC6) :
- établissement des procédures et des tableaux de bord relatifs au contrôle interne ;
- contrôle et audit des services ;
- proposition de définition d'une politique de contrôle de gestion du régime spécial ;
- analyse et synthèse des actions de contrôle ; préconisations de changement.