L'agence financière et comptable (AFC) exerce les fonctions suivantes :
- contrôle des dépenses et recouvrement des recettes ;
- établissement des comptes financiers, qu'elle soumet aux autorités compétentes.
En outre, dans le cadre d'une convention passée entre la direction de l'Etablissement national des invalides de la marine et l'agent comptable, elle prend en charge, pour le compte de l'ordonnateur, les fonctions suivantes :
- en liaison avec la sous-direction du personnel, de la modernisation et du pilotage des services, contrôle, auprès des employeurs des marins, de l'exactitude du contenu des déclarations mensuelles et trimestrielles de services servant d'assiette aux cotisations et contributions au régime ;
- préparation du budget de l'établissement et des actes de gestion nécessaires à la mise en oeuvre de ce budget, et exécution de ces actes après qu'ils ont été soumis à l'ordonnateur pour validation ;
- proposition des éléments d'équilibre financier du régime spécial de sécurité sociale des marins ;
- réalisation des travaux statistiques ainsi que des études prospectives nécessaires à la mission de l'établissement ;
- proposition d'une politique de contrôle portant sur la gestion interne de l'établissement comme sur la gestion du régime social des marins ; après validation par l'ordonnateur, mise en oeuvre de cette politique ;
- représentation du régime de sécurité sociale des marins dans les différentes instances traitant des questions financières relatives à la sécurité sociale ;
- fourniture de tous éléments pertinents à la sous-direction de la sécurité sociale des marins pour l'élaboration de la législation et de la réglementation financière du régime.