La sous-direction de la sécurité sociale des marins comporte :
4.1. Le bureau des études juridiques et des conventions internationales (SSM1), qui exerce les missions suivantes :
- élaboration des projets de textes législatifs et réglementaires relatifs à la caisse de retraites des marins et aux cotisations et contributions dues au régime spécial de sécurité sociale des marins ; suivi de l'application de ces textes ;
- participation aux travaux d'élaboration des accords et conventions internationales de sécurité sociale applicables au marin ; suivi de l'application de ces accords ;
- définition du champ d'affiliation pour les différents registres du pavillon français ;
- coordination avec les autres régimes français et étrangers ;
- études juridiques générales.

4.2. Le bureau de la caisse générale de prévoyance (SSM2), qui exerce les missions suivantes :
- élaboration de la législation et de la réglementation relatives aux prestations maladie, accidents du travail, maladies professionnelles, maternité, invalidité, décès ; suivi de l'application de ces textes ;
- détermination des conditions d'ouverture des droits aux prestations en nature et en espèces et de service des prestations ; coordination avec les autres régimes ;
- définition et suivi de la politique de prévention sanitaire et professionnelle ;
- élaboration des conventions avec d'autres régimes métropolitains et outre-mer avec les professionnels de santé et les institutions mutualistes.
4.3. Le bureau des interventions sociales (SSM3), qui exerce les missions suivantes :
- définition et mise en oeuvre de la politique d'action sanitaire et sociale du régime en faveur des marins actifs, des pensionnés et de leurs familles ;
- tutelle et financement des institutions sociales et médico-sociales maritimes, de l'Institut maritime de prévention ; relations avec les services sociaux maritimes ;
- mise en oeuvre de concours particuliers intéressant les populations maritimes ;
- pilotage budgétaire et financier de l'action sanitaire et sociale.
4.4. Le bureau du contentieux de la sécurité sociale des marins (SSM4), qui exerce les missions suivantes :
- réglementation du contentieux concernant les différentes caisses du régime ;
- relations avec les juridictions contentieuses de la sécurité sociale et de l'incapacité, les juridictions administratives, civiles ou pénales ;
- pilotage et animation du réseau des services déconcentrés en ce qui concerne le contentieux du régime ;
- veille jurisprudentielle.
4.5. Le bureau de la communication, de l'information et de la documentation générale (SSM5), qui exerce les missions suivantes :
- définition et mise en oeuvre de la politique de communication interne et externe de la direction ; pilotage éditorial ;
- suivi des relations externes, des manifestations maritimes et liaisons, dans le domaine de la communication, avec les organismes nationaux et internationaux dédiés à la sécurité sociale ;
- coordination des relations de la direction avec le service de l'information et de la communication (SIC) ;
- documentation administrative générale : gestion du fonds documentaire administratif à la disposition de la direction ; suivi et diffusion de l'actualité maritime et sociale.
4.6. Le centre de documentation, d'information et de formation (SSM6), qui exerce les missions suivantes :
- gestion du centre de ressources documentaires relatif au régime ;
- veille législative et réglementaire en matière de sécurité sociale ;
- constitution, alimentation et entretien d'une base documentaire en ligne destinée aux services de la direction, aux services en région concourant à l'application du régime ainsi qu'aux services sociaux maritimes ;
- élaboration, en liaison avec le bureau de la gestion des ressources humaines, de modules de formation adaptés destinés à ces services ; contribution aux formations ;
- allocation de documents aux réseaux de communication de la direction.