L'autorité chargée du contrôle financier sur les agences de l'eau, ci-après dénommée « le contrôleur », exerce une mission générale de surveillance de la gestion de chaque établissement. Elle contribue notamment, en vue de leur prévention, à l'identification des risques financiers, directs ou indirects, auxquels l'établissement est susceptible d'être confronté. A cette fin, elle s'appuie sur une analyse des risques et de la performance.
Dans ce cadre, le contrôleur peut évaluer, en liaison avec chaque agence de l'eau, les circuits et procédures mis en place. Il coordonne son intervention avec celle de l'agent comptable au titre du contrôle allégé partenarial.