La première période de formation alterne entre des cycles de formation à l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire (ENAP) et des stages au sein des services de l'administration pénitentiaire ou dans une autre structure, publique ou privée, française ou internationale.
La deuxième période de formation est constituée d'un stage sur le lieu d'affectation et de regroupements pédagogiques à l'ENAP destinés à assurer la montée en compétence, en situation réelle, des stagiaires.

La formation porte sur les domaines suivants :

- l'adhésion aux valeurs du service public et au code de déontologie du service public pénitentiaire ;
- le développement des compétences d'encadrement et de management des personnels et des services ;
- l'acquisition d'un positionnement professionnel adapté dans l'exercice de ses missions ;
- la connaissance des publics et l'intégration dans l'environnement professionnel pénitentiaire ;
- l'acquisition des connaissances juridiques et réglementaires nécessaires à l'exercice des missions ;
- l'apprentissage des procédures et des techniques professionnelles indispensables à l'accomplissement du service.

Durant la première période de formation, le directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire décide des affectations sur les lieux de stage, proposées par les directeurs interrégionaux des services pénitentiaires.
Durant les périodes de stage, les élèves directeurs pénitentiaires d'insertion et de probation ainsi que les directeurs pénitentiaires d'insertion et de probation stagiaires sont considérés comme des apprenants et ne peuvent en conséquence être assimilés à des fonctionnaires titulaires.