L'exploitant prend toutes les dispositions nécessaires dans la conception et l'exploitation de ses installations pour assurer une bonne gestion des déchets de son entreprise, notamment :

- limiter à la source la quantité et la toxicité de ses déchets en adoptant des technologies propres ;
- trier, recycler, valoriser ses sous-produits de fabrication ;
- s'assurer du traitement ou du pré traitement de ses déchets, notamment par voie physico-chimique, biologique ou thermique ;
- s'assurer, pour les déchets ultimes dont le volume doit être strictement limité, d'un stockage dans les meilleures conditions possibles.

La quantité de déchets entreposés sur le site ne dépasse pas :

- la capacité produite en 24 heures pour les déchets fermentescibles en l'absence de locaux ou de dispositifs assurant leur confinement et réfrigérés ;
- la capacité mensuelle produite ou, en cas de traitement externe, un lot normal d'expédition vers l'installation d'élimination.

Les sous-produits animaux sont traités ou éliminés dans un atelier agréé au titre du règlement du 21 octobre 2009 susvisé.
Les sous-produits animaux sont stockés, pendant leur utilisation, avant leur revalorisation ou leur élimination, dans des conditions ne présentant pas de risques de pollution (prévention d'un lessivage par les eaux météoriques, d'une pollution des eaux superficielles et souterraines, des envols et des odeurs) pour les populations avoisinantes et l'environnement.
Le stockage des sous-produits animaux est effectué selon leur catégorie afin que leur collecte et leur traitement soient réalisés dans les conditions prévues par le règlement du 21 octobre 2009 susvisé, dans des contenants identifiés, et de manière qu'ils ne soient pas source de contaminations croisées.

Les déchets qui ne peuvent pas être valorisés sont éliminés dans des installations réglementées conformément au Code de l'Environnement. L'exploitant est en mesure d'en justifier l'élimination sur demande de l'inspection de l'environnement, spécialité installations classées.
L'exploitant met en place un registre caractérisant et quantifiant tous les déchets utilisés et générés par ses activités (nature, tonnage, filière d'élimination, …) conformément à l'arrêté du 29 février 2012. Il émet un bordereau de suivi dès qu'il remet ses déchets dangereux à un tiers.
Tout brûlage à l'air libre est interdit.