Le service des produits et des marchés se compose de trois sous-directions :
La sous-direction des produits agricoles et alimentaires (sous-direction D) est chargée de l'orientation et de l'organisation des marchés pour les produits de base et de première transformation, des boissons, des produits d'origine animale, des produits d'origine végétale et des questions générales relatives à l'environnement. Elle assure les relations de la direction avec l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments pour les matières relevant de sa compétence.
La sous-direction de la santé, de l'industrie et du commerce (sous-direction E) est chargée des secteurs de la santé, des biens intermédiaires et d'équipement, des biens de consommation et de l'ensemble des réglementations applicables au secteur du commerce et de l'artisanat. Elle assure les relations de la direction avec l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé pour les matières relevant de sa compétence.
La sous-direction des services et des réseaux (sous-direction F) est chargée des secteurs de l'énergie et des réseaux locaux, des transports et de la communication, des services financiers, des professions organisées.