Par arrêté de la ministre de la santé et des sports et du ministre du budget, des comptes publics et de la fonction publique en date du 2 juin 2009, le compte financier 2008 de l'agence régionale de l'hospitalisation de Franche-Comté est approuvé et le montant des enveloppes est arrêté pour le personnel à 950 220,46 €, pour le fonctionnement à 319 584,74 € (montant auquel s'ajoutent 52 180,97 € au titre des dotations aux amortissements et provisions) et pour l'investissement à 77 429,59 €.