L'exploitant doit établir et tenir à jour un dossier comportant les documents suivants :
― le registre d'élevage tel que prévu par la réglementation en vigueur ;
― les plans tenus à jour, indiquant de manière précise notamment le point de prélèvement pour alimentation en eau de la pisciculture (rivière, source, forage en nappe...), le circuit d'alimentation en eau des bassins d'élevage et du local écloserie-alevinage s'il existe, les grilles amont et aval délimitant la pisciculture et le(s) point(s) de rejet(s) des effluents de la pisciculture ;
― les résultats des différentes analyses et mesures réalisées liées au programme de surveillance des rejets et aux méthodes d'estimation du débit dérivé ;
― le cahier d'épandage, le cas échéant.
Ce dossier doit être tenu à la disposition des services d'inspection compétents.

Lorsque les boues sont valorisées par épandage sur des terres agricoles, un cahier d'épandage est tenu à jour sous la responsabilité de l'exploitant. Ce cahier est mis à disposition de l'inspection des installations classées pendant une durée de dix ans. Il comporte les dates d'épandages, les volumes d'effluents, les quantités d'azote et de phosphore épandues, les parcelles réceptrices et la nature des cultures en précisant celles mises à disposition par des tiers et leur identité et adresse, l'identification des personnes morales ou physiques chargées des opérations d'épandage ainsi que l'ensemble des résultats d'analyses pratiquées sur les sols et les boues épandues avec les dates de prélèvements et de mesures et leur localisation.
Le cahier d'épandage comprend, le cas échéant, un bordereau cosigné par l'exploitant producteur des effluents et le destinataire. Ce bordereau est établi à chaque livraison.

Le suivi du débit dérivé et, le cas échéant, du débit réservé est effectué selon une fréquence déterminée dans l'arrêté d'autorisation. Cette fréquence est d'au minimum tous les quinze jours. Les résultats sont consignés sur un registre tenu à la disposition des services d'inspection compétents.

L'exploitant met en place un programme de surveillance lui permettant d'intervenir dès que les limites d'émissions de l'ensemble des paramètres visés à l'article 15 sont ou risquent d'être dépassées.
Le programme d'autosurveillance prévoit la fréquence et les méthodes de mesure du paramètre ammonium (NH4+) et du paramètre nitrites (NO2-). La fréquence d'analyse de ces paramètres est d'au moins une fois par mois et en période d'étiage d'au moins tous les quinze jours. Ces analyses peuvent être effectuées au moyen de dispositifs de mesures rapides.
Aucune valeur instantanée ne doit dépasser le double des valeurs limites de concentration autorisées.
Une mesure de la différence de concentration des paramètres visés à l'article 15, point 5, entre l'eau à l'entrée de la pisciculture et l'eau en aval du point de rejet doit être effectuée régulièrement par un laboratoire agréé. L'arrêté d'autorisation fixe le point de prélèvement à l'aval du point de rejet à une distance comprise entre 100 mètres et 300 mètres du point de rejet.
La fréquence des analyses par un laboratoire agréé des différents paramètres est fixée par l'arrêté d'autorisation, elle ne peut être inférieure à une fois par an.
Les résultats des analyses effectuées dans le cadre des contrôles et de l'autosurveillance sont conservés pendant dix ans par l'exploitant et tenus à la disposition des services d'inspection compétents.