L'habilitation peut être suspendue ou retirée par le préfet de région ou son représentant en cas de :

• non-respect de la réglementation et des instructions ministérielles diffusées par le service des haras en matière d'identification ;
• non-communication dans un délai de quinze jours au fichier central d'un signalement relevé ou d'un élément relatif à la pose d'un transpondeur ou de toute autre marque complémentaire apposée ;
• falsification d'un document d'identification ;
• non-déclaration aux services compétents d'une substitution ou d'une différence de signalement constatées lors d'un contrôle d'identité ;
• identification de chevaux dont l'identificateur est propriétaire ou copropriétaire ;
• erreur manifeste commise lors des opérations d'identification.

Dans ce dernier cas, l'habilitation pourra être suspendue jusqu'à ce que l'identificateur ait satisfait à un contrôle de connaissances organisé par le service des haras.