En l'absence du ministre, l'assemblée générale est présidée par le vice-président du conseil général ; en l'absence du ministre et du vice-président, le conseil général est présidé par le plus ancien en titre des présidents de section.
Chacune des sections du conseil général est présidée par un ingénieur général.
Le secrétariat général du conseil est dirigé par un ingénieur général, assisté d'un ou de plusieurs ingénieurs en chef secrétaires généraux adjoints.
Le vice-président du conseil général, les présidents de section, le secrétaire général du conseil général, ainsi que les secrétaires généraux adjoints, sont nommés par arrêté du ministre de l'agriculture et du développement rural.