Avant l'ouverture du vote électronique, les clés de chiffrement sont remises aux présidents des bureaux de vote électronique et des bureaux de vote électronique centralisateurs, puis aux autres membres de ces mêmes bureaux.
Les clés de chiffrement sont conservées sous la responsabilité de chacun des détenteurs.

La connexion sécurisée au système de vote peut s'effectuer à partir de tout poste informatique connecté à internet. Les opérations de vote électronique par internet peuvent être réalisées sur le lieu d'exercice pendant les heures de travail ou à distance.
Pour voter par internet, l'électeur après s'être connecté au système de vote et identifié à l'aide des moyens d'authentification prévus à l'article 30 exprime puis valide son vote. La validation du vote par l'électeur le rend définitif et empêche toute modification. Le bulletin de vote est chiffré sur le poste de l'électeur et stocké dans l'urne en vue du dépouillement sans avoir été déchiffré à aucun moment, même de manière transitoire.
La transmission du vote et l'émargement de l'électeur donnent lieu à la communication, à destination de l'électeur, d'un reçu lui confirmant son vote et qui peut être conservé en application des dispositions fixées par le IV de l'article 13 du décret du 26 mai 2011 susvisé.
Un kiosque de vote, qui accueille le ou les postes dédiés à l'exercice du suffrage et garantissant l'anonymat, la confidentialité et le secret du vote, est aménagé dans les écoles, les établissements publics locaux d'enseignement, dans les services ministériels, académiques et départementaux ainsi que dans les établissements publics administratifs et les établissements publics d'enseignement supérieur dans les conditions fixées par l'article 9 du décret du 26 mai 2011 susvisé et dans les conditions suivantes :
― les écoles de huit électeurs et plus disposent d'au moins un poste dédié ;
― les électeurs des écoles du premier degré de moins de huit électeurs ont accès aux établissements publics locaux d'enseignement et aux services académiques disposant d'un kiosque de vote ;
― les établissements d'enseignement scolaire du second degré, les services déconcentrés, les établissements publics administratifs ainsi que les établissements publics d'enseignement supérieur disposent d'au moins 1 poste dédié ;
― les établissements d'enseignement scolaire du second degré, les services centraux et déconcentrés, les établissements publics administratifs ainsi que les établissements publics d'enseignement supérieur disposent d'au moins deux postes dédiés lorsque le nombre d'électeurs est supérieur à trente.
Les kiosques de vote accueillant les postes dédiés sont mis à disposition le 14 octobre 2011, le 18 octobre 2011 et le 20 octobre 2011. Ils sont accessibles durant les heures de travail à tout électeur régulièrement inscrit sur les listes électorales.
L'électeur peut être en cas de besoin accompagné d'un électeur de son choix sous réserve des dispositions fixées au III de l'article 9 du décret du 26 mai 2011 susvisé.

Une cellule d'assistance téléphonique est instituée afin d'aider les électeurs dans l'accomplissement des opérations électorales du 13 octobre 2011 au 20 octobre 2011. Elle est accessible par appel téléphonique non surtaxé. La cellule d'assistance téléphonique est accessible le jeudi 13, le vendredi 14, le lundi 17, le mardi 18 et le mercredi 19 octobre 2011 de 8 heures à 21 heures. Elle est accessible le samedi 15 octobre 2011 de 9 heures à 13 heures et le jeudi 20 octobre 2011 de 8 heures à 17 heures.

En cas de force majeure, de dysfonctionnement informatique, de défaillance technique ou d'altération des données, le bureau de vote électronique est compétent pour prendre toute mesure d'information et de sauvegarde, y compris la suspension, l'arrêt ou la reprise des opérations de vote électronique par internet. Lorsqu'il en est institué, cette compétence est exercée par le bureau de vote électronique centralisateur sur proposition du bureau de vote électronique du scrutin concerné.
Le ministre chargé de l'éducation nationale est informé par le président du bureau de vote électronique ou, le cas échéant, par le président du bureau de vote électronique centralisateur de toute difficulté sans délai. Le bureau de vote électronique ou le bureau de vote électronique centralisateur procède à la suspension, l'arrêt ou la reprise des opérations après autorisation du ministre chargé de l'éducation nationale.
S'il s'avère indispensable de prononcer l'arrêt d'un, de plusieurs ou de l'ensemble des scrutins, le bureau de vote électronique ou le bureau de vote électronique centralisateur procède à l'annulation des élections concernées et prononce la caducité des opérations électorales enregistrées, après autorisation du ministre chargé de l'éducation nationale.

Après l'heure de clôture du scrutin, aucune procédure de vote ne peut être lancée. Toutefois, l'électeur connecté sur le système de vote avant l'heure de clôture peut valablement mener jusqu'à son terme la procédure de vote dans la limite de vingt minutes après la clôture du scrutin fixée à l'article 2.