Par arrêté du ministre du budget, des comptes publics, de la fonction publique et de la réforme de l'Etat et de la ministre de la santé et des sports en date du 15 mars 2010, le compte financier de l'année 2009 de l'agence régionale de l'hospitalisation de Franche-Comté est approuvé et le montant des enveloppes est arrêté pour le personnel à 825 340,00 €, pour le fonctionnement à 349 869,31 € (montant auquel s'ajoutent 68 771,29 € au titre des dotations aux amortissements et provisions) et pour l'investissement à 17 176,93 €.