La présidence du comité consultatif est assurée par le directeur général des douanes et droits indirects ou son représentant.
Le secrétariat du comité est assuré par la direction générale des douanes et droits indirects. Un procès-verbal de séance est établi par le secrétaire. Il est signé par le président puis transmis, dans les meilleurs délais, aux membres du comité.