L'agence comprend six directions en charge :

• de l'architecture et de la sécurité du système d'information et des données des forces de sécurité intérieure ;
• des fichiers opérationnels ;
• des systèmes d'information de l'activité et de la donnée ;
• des communications tactiques et de la maîtrise de l'environnement électromagnétique ;
• de la proximité numérique et des projets innovants ;
• du support et du soutien de l'agence.

En outre, l'agence est composée de pôles qui développent :

• une fonction de pilotage et de suivi de l'activité ;
• une fonction d'appui des chefs de projet dans le domaine juridique, méthodologique, de la sécurité numérique et de l'assurance qualité ;
• des capacités de stratégie technique, de recherche, de prospective et de partenariats.

L'agence comprend également les centres nationaux d'assistance aux utilisateurs de la police nationale et de la gendarmerie nationale.