L'agence dispose d'un comité d'orientation et de pilotage, coprésidé par le directeur général de la police nationale et par le directeur général de la gendarmerie nationale.
Ce comité, dont la composition et le fonctionnement sont définis conjointement par les directeurs généraux de la police nationale et de la gendarmerie nationale, se réunit au moins une fois par an.
Le secrétaire général adjoint en charge du numérique participe aux réunions de ce comité.
Le comité d'orientation et de pilotage est notamment chargé :

- d'arrêter, sur proposition du directeur de l'agence, la liste des projets dont la conduite est confiée à l'agence ;
- d'évaluer la qualité de la gestion de l'agence et des prestations qu'elle assure, au regard de ses objectifs de maîtrise des coûts, délais, performances et risques ;
- d'apprécier l'adéquation entre les objectifs fixés à l'agence et les moyens dont elle dispose ;
- d'adresser au ministre de l'intérieur et des outre-mer toute proposition utile dans les domaines relevant de la compétence de l'agence.