Le vote a lieu à bulletin secret, sous enveloppe, au scrutin de liste à la proportionnelle avec répartition des restes à la plus forte moyenne.
Les agents ont la possibilité de voter ;
- soit le jour de déroulement du scrutin sur place, à la section de vote, contre émargement ;

- soit par correspondance s'ils sont absents du service le jour du vote. Pour être pris en compte, l'envoi par correspondance doit parvenir, au plus tard, le jour du vote, avant l'heure de clôture du scrutin ;
- soit en déposant l'enveloppe vierge avec le bulletin de vote, avant le jour du déroulement du scrutin, à la section de vote, contre émargement, et selon les modalités précisées par le directeur général des haras nationaux.
Lors de la consultation, chaque électeur est invité à indiquer l'organisation syndicale par laquelle il entend être représenté au conseil d'administration des haras nationaux.
Seuls les enveloppes et les bulletins de vote fournis par l'administration pourront être utilisés pour le scrutin.

Le matériel de vote est envoyé huit jours au moins avant la date du scrutin aux électeurs par le directeur général des haras nationaux.
Le matériel de vote comprend : un bulletin de vote pour chaque organisation syndicale, la profession de foi rédigée par chacune d'entre elles, limitée à une feuille simple recto verso, une enveloppe vierge et, uniquement pour les agents ayant demandé de pouvoir voter par correspondance, une enveloppe timbrée à l'adresse de la section de vote où l'agent est électeur.
Chaque électeur insère le bulletin de vote dans l'enveloppe vierge. Le jour du déroulement du scrutin, il dépose, contre émargement, cette enveloppe vierge dans l'urne prévue à cet effet.
L'électeur qui a choisi de voter par correspondance place cette enveloppe vierge dans une enveloppe timbrée au dos de laquelle il indique ses nom, prénoms et affectation et appose sa signature. L'adresse de la section de vote à laquelle appartient l'électeur est inscrite sur cette enveloppe timbrée.